La chiesa della santa patrona della città di Acquasparta sembra avere origini molto antiche: durante i lavori eseguiti a metà degli anni settanta sotto il presbiterio sono stati scoperti resti risalenti a prima dell’XI secolo, e alcuni documenti redatti tra il settecento e l’ottocento dalla diocesi di Todi attestano che “la sua consagrazione vanta un’epoca assai remota”. Dagli stessi documenti sappiamo che nel 1761 la chiesa venne restaurata e riaperta al culto.

All’esterno, sul lato destro della facciata, svetta il campanile ornato di un orologio meccanico della metà del cinquecento, opera di un maestro aretino. All’interno, l’altare maggiore è consacrato a Santa Cecilia, e sopra di esso due angeli reggono lo stemma della famiglia Cesi, i cui esponenti sono stati per secoli signori e benefattori della città. 

Numerosi altari più piccoli sono collocati ai lati, e dedicati tra gli altri ai santi Nicola, Barbara e Restituta. Le cappelle laterali sono ornate da una serie di tele rappresentanti scene della vita di Gesù, di Maria e dei santi, opera di diversi pittori che vanno dalla fine del XVI secolo alla seconda metà del XVIII secolo.

Federico Cesi, detto il Linceo, è sepolto all’interno della chiesa.